Il museo si trova nella stupenda cornice del Castello di Santa Severa, sorto nel medioevo nel luogo dell'antico insediamento di Pyrgi, famoso scalo portuale aperto ai traffici del Mediterraneo, controllato dalla città etrusca di Caere, attuale Cerveteri.

Dal Centro Visite del museo si accede all'itinerario di visita di "Pyrgi e il Castello di Santa Severa": un percorso per scoprire la storia di uno dei più antichi porti del Tirreno, importante luogo di culto, città etrusca, fortezza romana, castello e borgo medievale. Un viaggio a ritroso nel tempo di oltre quattromila anni, in un ambiente litoraneo di grande suggestione.

Il museo è fornito di laboratori didattici, di una videtoteca e di una biblioteca di circa 400 volumi, con testi riguardanti la storia, la topografia e l'archeologia del territorio cerite - tolfetano - braccianese, l'archeologia subacquea e navale. Al museo fanno capo i servizi di visita guidata, i laboratori di archeologia sperimentale, i campi scuola, le visite ai resti sommersi di Pyrgi, tramite immersione o con la barca a fondo trasparente.

Il Museo ospita la sede dell'Associazione Intercomunale per il Progetto del Sistema Cerite, il Centro Studi Marittimi, il Gruppo Archeologico del Territorio Cerite, i servizi didattici e culturali promossi dalla Società Archeodromo.