Il Museo Civico, in collaborazione con la Soprintendenza Archeologica per l'Etruria Meridionale ed il Gruppo Archeologico del Territorio Cerite, sta realizzando, dal 1999, la carta archeologica dei fondali pyrgensi.

Le attività di prospezione subacquea rientrano nel "Progetto Pyrgi Sommersa" destinato alla documentazione e allo studio del patrimonio storico archeologico sommerso lungo la costa pyrgense e cerite con specifico riferimento all'antico porto di Pyrgi - Santa Severa. Le numerose scoperte effettuate hanno consentito una prima ipotesi di ricostruzione dei paesaggi costieri e degli apprestamenti portuali di epoca etrusca, romana e medievale (cfr. F. Enei, Pyrgi Sommersa. Ricognizioni Archeologiche Subacquee nel porto dell'antica Caere, S. Marinella 2004).

Presso il Museo opera il Laboratorio di Archeologia Navale attivo nello studio e nella ricostruzione di parti di navi e strumentazione antica di navigazione. Il laboratorio ha recentemente realizzato la ricostruzione in scala al vero di una pompa di sentina del tipo a bindolo, di epoca romana, funzionante, costruita secondo le tecniche ed i materiali antichi. Il museo, in collaborazione con il Gruppo Archeologico Cerite, sta promuovendo la ricerca in archivio dei documenti medievali e moderni relativi alla storia del Castello di Santa Severa e della sua tenuta.

I documenti fino ad oggi rinvenuti sono consultabili su richiesta presso l'archivio del museo.