La biblioteca del museo, di recente formazione, si sta specializzando sui temi legati alla ricerca archeologica subacquea e alla vita antica sul mare e per il mare. Raccoglie circa 400 testi relativi alla ricerca archeologica, al catalogo dei reperti, alla storia, alla topografia antica e all'archeologia del territorio Cerite-Tolfetano-Braccianese, alla divulgazione scientifica italiana.

Presso la biblioteca sono depositate oltre 100 videocassette a tema storico-archeologico e sono disponibili le pubblicazioni ed i quaderni didattici del museo.

A breve sarà disponibile il catalogo on line.